约翰二世(位于土耳其圣索菲亚大教堂的马赛克)
公元1118年，阿历克塞一世病逝，约翰成功抵住了安娜及其母亲的干预，取下及戴上父亲的帝位指环，在人民的认可下登基为拜占庭帝国皇帝，是为约翰二世。安娜并无罢休，她认为自己才是阿历克塞一世的真正传人，帝国需要的是她而不是约翰。一年后，安娜策划企图暗杀约翰二世，却失败被抓。接着，她便被软禁在万福玛利亚修道院(Monastery of the Virgin Kecharitomene)里，禁止接触任何政治。
编写《阿历克塞传》
在软禁期间，安娜没有浪费时间。她开始做第二件事，就是编写一部描写父亲阿历克塞一世生平的历史巨著-《阿历克塞传》。这部著作钜细靡遗地记下了阿历克塞少年时期直到病逝的大大小小事情，甚至包括阿历克塞一世在面对诺曼人(Normans)、土耳其人(Turks)和佩切涅格人(Pechenegs)的入侵时所表现出的愁绪。对于安娜来说，父亲是拜占庭帝国当时最重要的舵手，他的死不止对安娜，对帝国人民来说也是毁灭性的打击。因为，接下来，他们开始要忍受“帝位继承者(指约翰二世)的愚昧”。
《阿历克塞传》的风格既是一部史诗，又是一部军事史，以古典希腊语编写。内容并非单纯是一位公主歌颂父皇之作，更是唯一详细记录了东西基督教教会及***教首次大规模交流的情况，这种交流在当时是史无前例的，而且导致了巨大的冲突和混乱。因为这部著作，安娜到今天还在史学界享负盛名，她是第一位以欧洲语言编写史书的女性，而且也是中世纪唯一一位编写史书的世俗欧洲女性。
阿历克塞传真本
在阿历克塞一世成为皇帝前，拜占庭帝国便已处于极度水深火热的境地之中。公元1050年起，塞尔柱土耳其人(Seljuk Turks)在安那托利亚(Anatonia)开始向西扩张，拜占庭帝国在这里的控制愈来愈薄弱。公元1071年，拜占廷帝国军队在曼齐刻尔特战役(Battle of Manzikert)中惨败，当时的皇帝罗曼努斯四世(Romanos IV Diogenes， Emperor of Byzantine Empire)被俘虏，带到塞尔柱帝国苏丹“英狮”(Heroic Lion)阿尔普.阿尔斯兰(Alp Arslan， Sultan of Seljuk Empire)跟前。
这场决定性的战役后，安那托利亚的局势极度不稳，内战随即爆发。不少拜占庭贵族在这里争夺余下的权力，并雇用土耳其佣兵作战。这些佣兵以土地和城市作为报酬，拜占庭贵族的内耗最终使帝国几乎失去了所有在安那托利亚的领土。这就是阿历克塞一世继位时的情况。
因此，安娜决定仿效古代希腊学者希罗多德(Herodotus)和修昔底德(Thucydides)般，把父亲力挽狂澜的事迹记录下来，让后世不会忘记这个帝国皇帝如何耗尽心力为拜占庭帝国解除危机。
赞美阿历克塞一世
在《阿历克塞传》中，安娜把父亲比喻为古代希腊的传说英雄奥德修斯(Odysseus)。这位希腊英雄曾成功带领人民抵御了外敌。她的比喻确实非常贴切，奥德修斯是个“兵来将挡，水来土掩”的人，他不崇敬遥远的计划，只相信在危难来到时的随机应变。这种主调在《阿历克塞传》非常明显，阿历克塞一世也有类似的特质，纵观他统治的三十七年里，他都是在危机来临时处变不惊地化险为夷。
对于后世的史学者来说，安娜出生的年代实在恰好不过。十一世纪时的拜占庭帝国正经历前所未有的历史大洪流。在那个时代，因为阿历克塞一世向西欧求援，首次打开了十字军东征的理念。安娜在著作中详细记录了年少时亲眼目睹的第一次十字军东征，她看到优雅的君士坦丁堡充斥着许多从没见过的西欧骑士，他们被拜占庭人称为拉丁人。这些西欧骑士本来的目的是对抗土耳其人，以及夺取圣地耶路撒冷。
安娜这样形容十字军:“民众纷纷逃进我们的帝国里，这些西欧骑士所到之处就像蝗虫过境一样。”最后，十字军在中东地区建立了数个十字军政权。安娜对这些人的作战方式感到好奇，他们会使用十字弩，天主教牧师会随军出征，感觉就像是野蛮人的军队。
但不是所有十字军的目的都是如此崇高，有部分参与其中的人心怀不轨。安娜在著作中提到，一支诺曼人的首领安提阿的博希蒙德(Bohemond of Antioch)就是其中一个例子。这个人想完成父亲的遗志，征服在巴尔干半岛的拜占庭领土。安娜形容这个人的手段既肮脏又狡猾，他曲解十字军捍卫基督教的宗旨，变为打击非天主教徒-信奉东正教的拜占庭帝国。
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