美洲斑潜蝇寄主植物有110余种，以茄科、葫芦科和豆科植物受害最重，也为害十字花科、菊科等多种蔬菜。对叶片的为害率可达10%～80%，常造成瓜菜减产、品质下降，严重时甚至绝收。
成、幼虫均可为害。雌成虫飞翔把植物叶片刺伤，进行取食和产卵，幼虫潜入叶片和叶柄为害，产生不规则蛇形白色虫道，叶绿素被破坏，影响光合作用，受害重的叶片脱落，造成花芽、果实被灼伤，严重的造成毁苗。美洲斑潜蝇发生初期虫道呈不规则线状伸展，虫道终端常明显变宽别于番茄斑潜蝇。
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